Il visitatore è invitato ad entrare in un passaggio scuro fino a giungere ad una grande fotografia che rappresenta la tragedia della prima guerra mondiale (1914-1918): in quelle ore tenebrose di odio e violenze la Madonna apparve a tre pastorelli, Francesco, Giacinta e Lucia, il 13 maggio 1917, portando un messaggio di luce, di pace, di speranza. Un tunnel in penombra rappresenta simbolicamente il cammino che Dio propone all’umanità attraverso il messaggio di Fatima: dalla guerra alla pace; dalla notte al giorno; dalle tenebre alla luce. Al termine del percorso ci si trova in una zona illuminata dove si ammira la figura dell’Angelo del Portogallo, che apparve per tre volte nel 1916: egli preparò il cuore dei piccoli veggenti al grande evento dell’apparizione della Madonna.

È stato quello uno dei periodi più oscuri e burrascosi che la storia europea ricordi: odio e lotta contro la religione, ateismo imperante nella cultura e nella società, guerre e distruzioni, con milioni di morti. Anche la piccola Nazione portoghese fu travolta dall’ondata di ateismo e di persecuzione e in questa situazione la Madonna apparve per sei volte affidando ai tre fanciulli un messaggio di speranza e di amore, invitando alla preghiera, conversione e riparazione.

La Madonna è venuta ancora una volta a riproporre l’amore di Dio, a richiederne corrispondenza e conversione, fedeltà al Vangelo e soprattutto «preghiera e penitenza». Di qui la richiesta fatta in tutte le apparizioni di dire ogni giorno il rosario e di avere una profonda devozione al suo Cuore immacolato.

«Al riprendere conoscenza – dirà Giovanni Paolo II davanti alla Madonnina un anno dopo l’attentato – il mio pensiero si rivolse immediatamente a questo Santuario di Fatima, per deporre nel cuore della Madre celeste la mia gratitudine per avermi salvato dal pericolo. Ho visto in tutto l’accaduto – non mi stanco di ripeterlo – una speciale protezione materna della Madonna. E per coincidenza – non ci sono semplici coincidenze nei disegni della divina Provvidenza – ho visto anche un invito e, chissà, una chiamata per ricordare il messaggio partito di qui tramite i tre pastorelli, figli di umile gente di campagna».

L’8 ottobre del "Grande Giubileo" del 2000, Papa Wojtyla fece portare in Vaticano la statua della Madonna di Fatima per consacrare a lei il terzo millennio con la decisa affermazione: «Sono tempi duri quelli che viviamo; però la certezza è che non sarà il male ad avere l’ultima parola. Perché Maria ha detto: "Alla fine il mio Cuore immacolato trionferà"».